No para nada, eran completamente distintos. Funcionaban sobre otro kernel.

En ese tiempo habían dos líneas de Windows, los que funcionaban sobre DOS, y los que funcionaban sobre el kernel Windows NT.

ME funcionaba sobre DOS, al igual Windows 98. Aquí murió esta línea de Windows.
2000 funcionaba sobre el kenel NT, el cual se siguió usando en las versiones siguientes, XP, Vista, 7, 8, 10 etc. A mi gusto 2000 fue el mejor dentro de la línea NT.

Ah y cabe decir también que salieron casi al mismo tiempo, y ME era una basura inestable mientras que 2000 era muy estable y se usaba en servidores (hasta el día de hoy se usa en servers más antiguos).
El kernel NT era superior por eso se siguió usando en los windows subsiguientes.