Prueba T-UI, es un emulador de terminal que se usa como launcher.
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=t-ui&fdid=ohi.andre.consolelauncher

Adaway para bloquear publicidad (root).
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=adaway&fdid=org.adaway

Afwall+ es un excelente firewall (root).
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=Afwall&fdid=dev.ukanth.ufirewall

NewPipe es una buena alternativa para remplazar la app de youtube, me gusta porque puedes reproducir música en segundo plano y descargar los videos de youtube.
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=NewPipe&fdid=org.schabi.newpipe

Ghost Commander es un administrador de archivos y explorador root de doble panel, a mí me gusta bastante, pero el que trae Cyanogenmod por defecto es bastante bueno.
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=Ghost+commander&fdid=com.ghostsq.commander

ZArchiver para comprimir/descomprimir .rar, .zip, etc.
https://play.google.com/store/apps/details?id=ru.zdevs.zarchiver

En navegadores me gusta lightning porque es FOSS, rapido, ocupa poco espacio (un poco más de 3MB), no consume muchos recursos y otras cosas.
https://f-droid.org/repository/browse/?fdfilter=lightning&fdid=acr.browser.lightning
https://github.com/anthonycr/Lightning-Browser

Aquí hay unas cosas que te pueden interesar.
https://prism-break.org/es/categories/android/
https://blog.torproject.org/blog/mission-impossible-hardening-android-security-and-privacy
http://droid-break.info/
https://es.m.wikipedia.org/wiki/Replicant_(sistema_operativo)
http://redmine.replicant.us/projects/replicant/wiki/Replicant40PortingGuide