Creo que sería útil una anlogía con las computadoras. Se podría comparar al cerebro como el hardware y la mente como el software. El software es físico: Es una serie de electrones atrapados en celdas (tal vez no sea preciso, pero creo que la idea general se entiende).

La percepción igual. Los nervios de los ojos por ejemplo están conectados a los centros sensoriales, y de ahí pasa a ser procesada e integrada con la información del resto de sentidos en el tálamo.

Por otro lado es muy cierto lo que dices sobre lo saludable de racionalizar, y de ese modo controlar las emociones, pero hay cierta imposibilidad de hacerlo cuando estas son muy fuertes. Las emociones mandán. No sé si alguno de ustedes ha tenido la experiencia de estar muy molesto con alguien y al tratar de pensar, solo encontraron que cada uno de sus pensamientos justificaba su molestia.
Esto es por razones evolutivas: La prioridad de nuestros antepasados no era racionalizar situaciones peligrosas, la prioridad era huir o pelear, esto nos dio una ventaja en el pasado: imaginate que te encontrabas con un leon en la savana, no había tiempo para pensar.

Pero ahora no nos funciona tan bien y vemos a gente que explotan en ira y masacra a su familia entera para darse cuenta solo cuando todo está hecho.