Pero si realmente todo lo físico es energía.

La única manera de saberlo es teniendo naves espaciales tipo ST o SW.

¿En que sentido? ¿Desde una perspectiva epistemológica?
En un sentido general, todo es energía. Así como dice 2. En la fórmula de Einstein (deducido a partir de una teoría especial de la gravedad, claro, inferible a su teoría general) existe una equivalencia energia-masa. La energía es algo que se conserva (es una manifestación de la homogeneidad del espacio y tiempo), por lo tanto, todo se vuelve energía y todo se vuelve una manifestación física.
Incluso, la energía se encuentra en lugares donde no existe nada, en el vacío. Existen evidencias en el universo y en los laboratorios que en un vacío cuántico, existen fluctuaciones de energía (predicciones en el marco de la teoría cuántica de campos).

Sí. No.