A ver aclarame un par de cosas.

1. Que pasa si ingresas 「sudo poweroff」 en un emulador de terminal (sin Ctrl+Alt+F). Si se apaga, es mas comodo hacerlo desde ahi que Ctrl+Alt+F.
2. Que pasa con el boton de apagado de hardware. Si lo aprietas una vez desde el DE (sin Ctrl+Alt+F) se queda pegado?
3. Que version de Mint instalaste?

>¿no hay manera de vincular ese comando (sudo poweroff) con el botón de apagar para apagar desde ahí como corresponde?

El problema debe estar con un script llamado por esa interfaz de apagar, hay que ver que es antes de solucionarlo.

>¿apagar con este comando es seguro? ¿no hace daño al disco duro?

Es seguro.