>¿qué es exactamente un formato de bajo nivel?
Es darle el formato a los bloques que componen el disco. En realidad sólo a este proceso deberíamos llamarlo "formatear", las cosas que conocemos hoy como "formatear" en realidad son otras cosas. Ya que antiguamente no había un tamaño estándar para los bloques en el disco, muchos discos duros o disquettes (floppy) venían sin formato, y tenias que formatearlos, es decir crear los bloques. A medida que se fue adoptando un estándar en los 90s los disquettes y discos duros empezaron a venir pre-formateados.

Los discos duros modernos vienen con formato, pero sin sistema de archivos. A lo que nosotros conocemos como "formatear" en realidad es crearle el sistema de archivos, pero el disco ya viene formateado de fábrica. Entiendo que es imposible formatear los dicos duros modernos.
>si yo destruyo toda la información en un dispositivo (e. g. con un comando "wipe" o "shred" en Linux) y luego sobreescribo los datos con ceros, ¿cuenta como un formato a bajo nivel?
No, simplemente estás reemplazando los bloques con ceros, no estás volviendo a crear los bloques. Esta operación se llama zero-filling o zeroing.

>y de ser así, esta operación repetidamente, ¿puede llegar a dañar un dispositivo hasta dejarlo inutilizable?
Es una operación que le da harto trabajo al disco duro, en ese sentido puede quitarle vida útil, pero más que eso no.

>¿qué es exactamente un formato de bajo nivel?
Es crear y darle el formato a los bloques que componen el disco. En realidad sólo a este proceso deberíamos llamarlo "formatear", las cosas que conocemos hoy como "formatear" en realidad son otras cosas. Ya que antiguamente no había un tamaño estándar para los bloques en el disco, muchos discos duros o disquettes (floppy) venían sin formato, y tenias que formatearlos a gusto, es decir crear los bloques. A medida que se fue adoptando un estándar en los 90s los disquettes y discos duros empezaron a venir pre-formateados con ese estándar.

Los discos duros modernos vienen con formato, pero sin sistema de archivos. A lo que nosotros conocemos como "formatear" en realidad es crearle el sistema de archivos, pero el disco ya viene formateado de fábrica. Entiendo que es imposible formatear los dicos duros modernos.
>si yo destruyo toda la información en un dispositivo (e. g. con un comando "wipe" o "shred" en Linux) y luego sobreescribo los datos con ceros, ¿cuenta como un formato a bajo nivel?
No, simplemente estás llenando el contenido de los bloques con ceros, no estás volviendo a crear los bloques. Esta operación se llama zero-filling o zeroing.

>y de ser así, esta operación repetidamente, ¿puede llegar a dañar un dispositivo hasta dejarlo inutilizable?
Es una operación que le da harto trabajo al disco duro, en ese sentido puede quitarle vida útil, pero más que eso no.

Excelente respuesta, gracias por la info.