¿Qué marca era el pendrive? Muchos manufacturadores (he observado esto en Kingston) incluyen utilidades de seguridad de fábrica en sus dispositivos (cifradores, etc). Se me ocurre que ese podría ser uno de estos softwares mal instalados en el pendrive por el manufacturador. La mayoría de los antivirus arrojan alertas de seguridad cuando detectan un ejecutable y no pueden identificar su procedencia, por esto cuando descargas un ejecutable aunque sea inofensivo puede ser puesto en cuarentena automáticamente por el antivirus.

Una solución sería purgar el dispositivo. Hacer esto es muy simple:

Reinicia Windows, cuando veas el logotipo de la BIOS presiona F8 e inicia en modo a prueba de fallos. Una vez en el escritorio, arranca el CMD como administrador e ingresa los siguientes comandos:
DISKPART
LIST DISK
SELECT DISK n (donde n es el número de la partición del pendrive que apareció en list disk, fíjate en el tamaño para determinar)
CLEAN
CREATE PARTITION PRIMARY
ACTIVE
FORMAT FS=FAT32 (o FS=NTFS en caso de que el pendrive sea mayor a 4 GB)
ASSIGN
EXIT
EXIT

Esto va a purgar el disco, crear una nueva partición y montarla. Con esto tu pendrive debería quedar completamente limpio.