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En realidad nada, al menos por mi parte nunca he tenido problemas con Pulseaudio (quizás no lo ocupo como debería ?), el problema para muchos es, como dijeron más arriba, que intenta hacer muchas cosas a la vez. Esto ocurre porque muchos comparan ALSA con Puleaudio siendo que el objetivo de ambos son distintos. Por ejemplo, ALSA es solo un programa que te permite habilitar tu tarjeta de audio para que emita sonidos además de administrar los dispositivos de sonido de tu sistema, mientras que Pulseaudio es un servidor de sonido con el cuál puedes hacer muchas más cosas incluidas las que puede hacer ALSA. Bajo esa premisa, Pulseaudio debería compararse con JACK Audio Connection Kit ya que ambos son servidores de audio, sin embargo este último está orientado a ambientes profesionales con el que te permite obtener bajas latencias en conexiones de dispositivos MIDI.

Me imagino que en su momento cuando apareció ALSA hubieron quienes lo consideraron que hacía mas de lo que debería al sustituir OSS, pero ya ves que actualmente es el sistema de audio por defecto. Sin embargo, en mi opinión no debería compararse, si bien en mi post propuse que se hiciera un fork es solo porque creo que la libertad está en poder elegir que quieres usar.